Các phương pháp tính thuế thu nhập doanh nghiệp hiện nay đang được quy định tại điều 3 của thông tư 78/2014/TT-BTC và được sửa đổi bổ sung tại Điều 1 Thông tư 96/2015/TT-BTC
Cụ thể như sau:
1. Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ tính thuế bằng thu nhập tính thuế trừ đi phần trích lập quỹ khoa học và công nghệ (nếu có) nhân với thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp.
Công thức xác định số Thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp như sau:
Thuế TNDN phải nộp = (Thu nhập tính thuế - Phần trích lập quỹ KH&CN (nếu có) ) x Thuế suất thuế TNDN
- Doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ở nước ngoài chuyển phần thu nhập sau khi đã nộp thuế thu nhập doanh nghiệp ở nước ngoài của doanh nghiệp về Việt Nam đối với các nước đã ký Hiệp định tránh đánh thuế hai lần thì thực hiện theo quy định của Hiệp định; đối với các nước chưa ký Hiệp định tránh đánh thuế hai lần thì trường hợp thuế thu nhập doanh nghiệp ở các nước mà doanh nghiệp đầu tư chuyển về có mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp thấp hơn thì thu phần chênh lệch so với số thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo Luật thuế thu nhập doanh nghiệp của Việt Nam.
- Doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài có thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh tại nước ngoài, thực hiện kê khai và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành của Việt Nam, kể cả trường hợp doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập theo quy định của nước doanh nghiệp đầu tư. Mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp để tính và kê khai thuế đối với các khoản thu nhập từ nước ngoài là 22% (từ ngày 01/01/2016 là 20%), không áp dụng mức thuế suất ưu đãi (nếu có) mà doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài đang được hưởng theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành.
- Trường hợp khoản thu nhập từ dự án đầu tư tại nước ngoài đã chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (hoặc một loại thuế có bản chất tương tự như thuế thu nhập doanh nghiệp) ở nước ngoài, khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp tại Việt Nam, doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài được trừ số thuế đã nộp ở nước ngoài hoặc đã được đối tác nước tiếp nhận đầu tư trả thay (kể cả thuế đối với tiền lãi cổ phần), nhưng số thuế được trừ không vượt quá số thuế thu nhập tính theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp của Việt Nam. Số thuế thu nhập doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài được miễn, giảm đối với phần lợi nhuận được hưởng từ dự án đầu tư ở nước ngoài theo luật pháp của nước doanh nghiệp đầu tư cũng được trừ khi xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp tại Việt Nam.
- Trường hợp doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ở nước ngoài có chuyển phần thu nhập về nước mà không thực hiện kê khai, nộp thuế đối với phần thu nhập chuyển về nước thì cơ quan thuế thực hiện ấn định thu nhập chịu thuế từ hoạt động sản xuất kinh doanh tại nước ngoài theo quy định của Luật Quản lý thuế.
- Hồ sơ đính kèm khi kê khai và nộp thuế của doanh nghiệp Việt Nam đầu tư ra nước ngoài đối với khoản thu nhập từ dự án đầu tư tại nước ngoài bao gồm:
+ Bản chụp Tờ khai thuế thu nhập ở nước ngoài có xác nhận của người nộp thuế;
+ Bản chụp chứng từ nộp thuế ở nước ngoài có xác nhận của người nộp thuế hoặc bản gốc xác nhận của cơ quan thuế nước ngoài về số thuế đã nộp hoặc bản chụp chứng từ có giá trị tương đương có xác nhận của người nộp thuế.
- Khoản thu nhập từ dự án đầu tư tại nước ngoài được kê khai vào quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp của năm có chuyển phần thu nhập về nước theo quy định của pháp luật về đầu tư trực tiếp ra nước ngoài. Khoản thu nhập (lãi), khoản lỗ phát sinh từ dự án đầu tư ở nước ngoài không được trừ vào số lỗ, số thu nhập (lãi) phát sinh trong nước của doanh nghiệp khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
2. Kỳ tính thuế TNDN được xác định theo năm dương lịch. Trường hợp doanh nghiệp áp dụng năm tài chính khác với năm dương lịch thì kỳ tính thuế xác định theo năm tài chính áp dụng.
3. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam, doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này xác định được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau: 
+ Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%.
Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật: 2%.
+ Đối với kinh doanh hàng hóa: 1%.
+ Đối với hoạt động khác: 2%.
Ví dụ: Đơn vị sự nghiệp A có phát sinh hoạt động cho thuê nhà, doanh thu cho thuê nhà một (01) năm là 100 triệu đồng, đơn vị không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động cho thuê nhà nêu trên do vậy đơn vị lựa chọn kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ như sau:
Số thuế TNDN phải nộp = 100.000.000 đồng x 5% = 5.000.000 đồng.
4. Doanh nghiệp có doanh thu, chi phí và thu nhập khác bằng ngoại tệ thì phải quy đổi ngoại tệ ra đồng Việt Nam theo tỷ giá giao dịch bình quân trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố tại thời điểm phát sinh doanh thu, chi phí, thu nhập khác bằng ngoại tệ, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác. Đối với loại ngoại tệ không có tỷ giá hối đoái với đồng Việt Nam thì phải quy đổi thông qua một loại ngoại tệ có tỷ giá hối đoái với đồng Việt Nam.