Trình tự thực hiện ngừng sử dụng hóa đơn điện tử đang được quy định tại khoản 2, điều 16 của Nghị định 123/2020/NĐ-CP như sau:
a) Cơ quan thuế quản lý trực tiếp gửi thông báo đến người nộp thuế thuộc trường hợp tại điểm đ, e, g khoản 1 Điều 16 đề nghị người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu liên quan đến việc sử dụng hóa đơn điện tử.
Trong đó: điểm đ, e, g khoản 1 Điều 16 của Nghị định 123/2020/NĐ-CP như sau:
Điều 16. Ngừng sử dụng hóa đơn điện tử
1. Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ, cá nhân kinh doanh thuộc các trường hợp sau ngừng sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế, ngừng sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế:
đ) Trường hợp có hành vi sử dụng hóa đơn điện tử để bán hàng nhập lậu, hàng cấm, hàng giả, hàng xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ bị cơ quan chức năng phát hiện và thông báo cho cơ quan thuế;
e) Trường hợp có hành vi lập hóa đơn điện tử phục vụ mục đích bán khống hàng hóa, cung cấp dịch vụ để chiếm đoạt tiền của tổ chức, cá nhân bị cơ quan chức năng phát hiện và thông báo cho cơ quan thuế;
g) Trường hợp cơ quan đăng ký kinh doanh, cơ quan nhà nước có thẩm quyền yêu cầu doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh ngành, nghề kinh doanh có điều kiện khi phát hiện doanh nghiệp không có đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của pháp luật.
Căn cứ kết quả thanh tra, kiểm tra, nếu cơ quan thuế xác định doanh nghiệp được thành lập để thực hiện mua bán, sử dụng hóa đơn điện tử không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn điện tử để trốn thuế theo quy định thì cơ quan thuế ban hành quyết định ngừng sử dụng hóa đơn điện tử; doanh nghiệp bị xử lý theo quy định của pháp luật.
b) Người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu không quá 02 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ra thông báo. Người nộp thuế có thể đến cơ quan thuế giải trình trực tiếp hoặc bổ sung thông tin, tài liệu hoặc bằng văn bản.
c) Người nộp thuế tiếp tục sử dụng hóa đơn điện tử hoặc giải trình bổ sung, cụ thể: 
c.1) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu đầy đủ và chứng minh được việc sử dụng hóa đơn điện tử theo đúng quy định pháp luật thì người nộp thuế tiếp tục sử dụng hóa đơn điện tử.
c.2) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu mà không chứng minh được việc sử dụng hóa đơn điện tử theo đúng quy định pháp luật thì cơ quan thuế tiếp tục thông báo yêu cầu người nộp thuế bổ sung thông tin, tài liệu. Thời hạn bổ sung là 02 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ra thông báo.
d) Hết thời hạn theo thông báo mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu thì cơ quan thuế ra thông báo đề nghị người nộp thuế ngừng sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc ngừng sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế và xử lý theo quy định.
3. Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ, cá nhân kinh doanh nêu tại khoản 1 Điều 16 của Nghị định 123/2020/NĐ-CP được tiếp tục sử dụng hóa đơn điện tử sau khi thông báo với cơ quan thuế về việc tiếp tục kinh doanh hoặc được cơ quan thuế khôi phục mã số thuế cơ quan thuế ban hành quyết định chấm dứt hiệu lực quyết định cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế bằng biện pháp ngừng sử dụng hóa đơn hoặc khi có thông báo của cơ quan chức năng.
4. Trường hợp doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ, cá nhân kinh doanh đang trong thời hạn tạm ngừng kinh doanh cần có hóa đơn điện tử giao cho người mua để thực hiện các hợp đồng đã ký trước ngày tạm ngừng kinh doanh thì doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ, cá nhân kinh doanh sử dụng hóa đơn điện tử cấp theo từng lần phát sinh theo hướng dẫn tại khoản 2 Điều 13 Nghị định 123/2020/NĐ-CP.