Nếu doan nghiệp xuất hóa đơn điện tử không đúng với thời điểm xuất hóa đơn đã được quy định tại Điều 9 Nghị định 123/2020/NĐ-CP thì doanh nghiệp sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn theo quy định tại điều 24 của Nghị định số 125/2020/NĐ-CP như sau:
Điều 24. Xử phạt hành vi vi phạm quy định về lập hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ
1. Phạt cảnh cáo đối với một trong các hành vi sau đây:
a) Lập hóa đơn không đúng thời điểm nhưng không dẫn đến chậm thực hiện nghĩa vụ thuế và có tình tiết giảm nhẹ;
Trong đó: Tình tiết giảm nhẹ được quy định tại điều 6 của Nghị định 125/2020/NĐ-CP như sau:
Điều 6. Tình tiết giảm nhẹ, tình tiết tăng nặng trong lĩnh vực thuế, hóa đơn
1. Tình tiết tăng nặng, tình tiết giảm nhẹ theo quy định của pháp luật về xử lý vi phạm hành chính.
Chi tiết về tình tiết giảm nhẹ theo quy định của pháp luật về xử lý vi phạm hành chính thì các bạn xem tại đây:
Tình tiết giảm nhẹ vi phạm hành chính
b) Lập hóa đơn liên tục từ số nhỏ đến số lớn nhưng khác quyển (dùng quyển có số thứ tự lớn hơn và chưa dùng quyển có số thứ tự nhỏ hơn) và tổ chức, cá nhân sau khi phát hiện ra đã hủy các quyển hóa đơn có số thứ tự nhỏ hơn;
c) Lập sai loại hóa đơn theo quy định đã giao cho người mua hoặc đã kê khai thuế, bên bán và bên mua phát hiện việc lập sai loại hóa đơn và lập lại loại hóa đơn đúng theo quy định trước khi cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế và không ảnh hưởng đến việc xác định nghĩa vụ thuế.
2. Phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.500.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:
a) Không lập hóa đơn tổng hợp theo quy định của pháp luật về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ.
b) Không lập hóa đơn đối với các hàng hóa, dịch vụ dùng để khuyến mại, quảng cáo, hàng mẫu; hàng hóa, dịch vụ dùng để cho, biếu, tặng, trao đổi, trả thay lương cho người lao động, trừ hàng hóa luân chuyển nội bộ, tiêu dùng nội bộ để tiếp tục quá trình sản xuất.
3. Phạt tiền từ 3.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với hành vi lập hóa đơn không đúng thời điểm nhưng không dẫn đến chậm thực hiện nghĩa vụ thuế, trừ trường hợp quy định tại điểm a khoản 1 Điều này.
4. Phạt tiền từ 4.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:
a) Lập hóa đơn không đúng thời điểm theo quy định của pháp luật về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ, trừ trường hợp quy định tại điểm a khoản 1, khoản 3 Điều này;
b) Lập hóa đơn không theo thứ tự từ số nhỏ đến số lớn theo quy định, trừ trường hợp phạt cảnh cáo theo điểm b khoản 1 Điều này; 
c) Lập hóa đơn ghi ngày trên hóa đơn trước ngày mua hóa đơn của cơ quan thuế;
d) Lập sai loại hóa đơn theo quy định của pháp luật về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ và đã giao cho người mua hoặc đã kê khai thuế, trừ trường hợp phạt cảnh cáo theo điểm c khoản 1 Điều này;
đ) Lập hóa đơn điện tử khi chưa có thông báo chấp thuận của cơ quan thuế hoặc trước ngày cơ quan thuế chấp nhận việc sử dụng hóa đơn điện tử có mã hoặc không có mã của cơ quan thuế;
e) Lập hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ trong thời gian tạm ngừng hoạt động kinh doanh, trừ trường hợp lập hóa đơn giao cho khách hàng để thực hiện các hợp đồng đã ký trước ngày thông báo tạm ngừng kinh doanh;
g) Lập hóa đơn điện tử từ máy tính tiền không có kết nối, chuyển dữ liệu điện tử với cơ quan thuế.
h) Lập hóa đơn không ghi đầy đủ các nội dung bắt buộc trên hóa đơn theo quy định.
(Khoản này được bổ sung bởi Khoản 3 Điều 1 Nghị định 102/2021/NĐ-CP)
5. Phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng đối với hành vi không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ cho người mua theo quy định, trừ hành vi quy định tại điểm b khoản 2 Điều này.
6. Biện pháp khắc phục hậu quả: Buộc lập hóa đơn theo quy định đối với hành vi quy định tại điểm d khoản 4, khoản 5 Điều này khi người mua có yêu cầu.
Một vài câu hỏi mà bạn có thể muốn biết khi tìm hiểu về các mức phạt xuất hóa đơn sai thời điểm:
1. Xuất hóa đơn sai thời điểm nhiều lần thì xử phạt như nào?
Theo Công văn số 2768/TCT-PC ngày 26/7/2021 của Tổng Cục Thuế về việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn thì:
Trường hợp người nộp thuế lập hóa đơn không đúng thời điểm thuộc hành vi vi phạm quy định về lập hóa đơn (Điều 24 Nghị định 125/2020/NĐ-CP) và hành vi quy định tại điểm c khoản 1 Điều 17 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP thì người nộp thuế bị xử phạt về từng hành vi vi phạm theo quy định.
2. Thời hiệu xử phạt vi phạm xuất hóa đơn sai thời điểm là bao nhiêu năm?
Theo quy định tại khoản 1 Điều 1 Nghị định 102/2021/NĐ-CP Sửa đổi điểm a khoản 1 Điều 8 của Nghị định số 125/2020/NĐ-CP thì:
Thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn là 02 năm.
3. Hóa đơn xuất sai thời điểm bên mua có bị phạt không?
Bên mua không bị xử phạt