Hướng dẫn cách kê khai hóa đơn thay thế bị bỏ sót theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC, Thông tư 91/2026/TT-BTC, Nghị định 252/2026NĐ-CP hướng dẫn Luật quản lý thuế
1. Các kê khai hóa đơn thay thế bị bỏ sót đối với bên bán
Đối với bên bán phải kê khai về đúng kỳ (kỳ mà hóa đơn thay thế đó phải kê khai)
Ví dụ 1: Bỏ sót hóa đơn thay thế phát sinh cùng kỳ với hóa đơn bị thay thế (hóa đơn có sai sót)
Công ty Thiên Ưng có kỳ kê khai thuế GTGT theo quý
+ Ngày 15/04/2026, Công ty Thiên Ưng bán hàng => lập hóa đơn số 400
+ Đến ngày 10/05/2026, phát hiện ra hóa đơn số 400 có sai sót => Lập hóa đơn thay thế số 500
+ Đến ngày 15/08/2026, phát hiện ra: tờ khai thuế GTGT của quý 2/2026 không kê khai hóa đơn thay thế số 500 (Bỏ sót chưa kê khai số tiền thuế GTGT đầu ra trên hóa đơn thay thế số 500)
Đối với trường hợp này thì bên bán cần xác định như sau:
* Bước 1: Xác định xem theo đúng quy định thì hóa đơn thay thế số 500 này sẽ phải kê khai vào kỳ nào
Vì hóa đơn bị thay thế (Hóa đơn gốc số 400) và hóa đơn thay thế số 500 phát sinh cùng 1 kỳ (cùng được lập trong qúy 2/2026)
Nên công ty Thiên Ưng phải thực hiện: dùng hóa đơn thay thế số 500 để kê khai vào kỳ quý 2/2026 (không dùng hóa đơn số 400 để kê khai)
Vậy là: Hóa đơn thay thế số 500 này kê khai đúng kỳ là phải kê khai vào kỳ quý 2/2026
* Bước 2: Thực hiện kê khai điều chỉnh bổ sung vào kỳ kê khai sót
Đến quý 3/2026, công ty Thiên Ưng phát hiện ra quý 2/2026 chưa kê khai hóa đơn thay thế số 500 này => Tức là quý 2/20216 đã kê khai sót hóa đơn thay thế số 500 này
Nên công ty Thiên Ưng sẽ phải thực hiện làm tờ khai điều chỉnh bổ sung cho kỳ quý 2/2026, để kê khai điều chỉnh tăng giá trị HH-DV bán ra và điều chỉnh tăng số tiền thuế GTGT đầu ra cho kỳ quý 2/2026 (để số thuế GTGT đầu ra này được ghi nhận vào đúng kỳ phát sinh là kỳ quý 2/2026)
Ví dụ 2: Bỏ sót hóa đơn thay thế phát sinh khác kỳ với hóa đơn bị thay thế (hóa đơn có sai sót)
Công ty Thiên Ưng có kỳ kê khai thuế GTGT theo quý 
+ Ngày 20/06/2026, Công ty Thiên Ưng bán hàng => Lập hóa đơn số 600 (Tiền thuế GTGT trên hóa đơn là 1 triệu) (Đã kê khai vào kỳ quý 2/2026)
+ Đến ngày 05/08/2026, phát hiện ra hóa đơn số 600 có sai sót => Lập hóa đơn thay thế số 800 (Tiền thuế GTGT trên hóa đơn là 2 triệu)
+ Đến ngày 15/10/2026, phát hiện ra: đã bỏ sót, chưa kê khai hóa đơn thay thế số 800
Đối với trường hợp này thì bên bán cần xác định như sau:
* Bước 1: Xác định xem theo đúng quy định thì hóa đơn thay thế số 800 này sẽ phải kê khai vào kỳ nào
Vì hóa đơn bị thay thế (Hóa đơn gốc số 600) và hóa đơn thay thế số 800 phát sinh khác kỳ (Hóa đơn gốc số 600 được lập trong qúy 2/2026, còn hóa đơn thay thế số 800 được lập vào kỳ quý 3/2026)
Nên theo đúng quy định thì công ty Thiên Ưng phải thực hiện: kê khai "Phần chênh lệch giữa hóa đơn thay thế số 800 và hóa đơn gốc số 600" vào kỳ quý 2/2026
Vậy là: Hóa đơn thay thế số 800 sẽ dùng để kê khai điều chỉnh phần chênh lệch vào kỳ quý 2/2026
* Bước 2: Thực hiện kê khai điều chỉnh bổ sung vào kỳ kê khai sót
Số tiền thuế GTGT đầu ra trên hóa đơn thay thế số 800 là 2 triệu, còn số tiền tiền thuế GTGT đầu ra trên hóa gốc số 600 là 1 triệu => Phần chênh lệch là 1 triệu
=> Công ty Thiên Ưng sẽ phải thực hiện làm tờ khai điều chỉnh bổ sung cho kỳ quý 2/2026, để kê khai điều chỉnh tăng giá trị HH-DV bán ra và điều chỉnh tăng số tiền thuế GTGT đầu ra là 1 triệu này vào kỳ quý 2/2026 (để số thuế GTGT đầu ra này được ghi nhận vào đúng kỳ phát sinh là kỳ quý 2/2026)
(Lưu ý: số tiền tiền thuế GTGT đầu ra trên hóa gốc số 600 là 1 triệu đã kê khai vào kỳ quý 2/2026 rồi, nên chỉ kê khai bổ sung thêm phần chênh lệch là 1 triệu nữa thôi)
2. Các kê khai hóa đơn thay thế bị bỏ sót đối với bên mua
Khi phát hiện ra có hóa đơn đầu vào là hóa đơn thay thế nhưng bị bỏ sót, chưa kê khai thuế thì bên mua cần xác định xem số tiền thuế GTGT đầu vào đang lên hay giảm đi bằng việc so sánh số tiền thuế GTGT trên hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế như sau:
+ Nếu số tiền thuế GTGT trên hóa đơn thay thế LỚN HƠN số tiền thuế GTGT trên hóa đơn bị thay thế
=> Đây là trường hợp TĂNG số thuế GTGT còn được khấu trừ hoặc làm giảm số tiền thuế GTGT phải nộp
=> Bên mua sẽ kê khai "Phân chênh lệch giữa số thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế" vào chỉ tiêu 37 – điều chỉnh tăng trên tờ khai thuế GTGT của kỳ hiện tại (kỳ phát hiện ra có hoá đơn đầu vào bị bỏ sót) (không phải làm tờ khai điều chỉnh bổ sung KHBS)
Ví dụ:
+ Qúy 1/2026: nhận hóa đơn đầu vào số 100 => Trên hóa đơn đầu vào này có số tiền thuế GTGT 2 triệu
+ Qúy 2/2026: nhận hóa đơn thay thế số 200 (đây là hóa đơn xuất thay thế hóa đơn đầu vào số 100 vì có sai sót) = > Trên hóa thay thế số 200 này có số tiền thuế GTGT 3 triệu
+ Qúy 3/2026: Phát hiện ra: chưa kê khai hóa đơn thay thế số 200 vào kỳ quý 2/2026 (Kê khai sót hóa đơn đầu vào thay thế số 200)
Vì số tiền thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn thay thế số 200 là 3 triệu đang LỚN HƠN số tiền thuế GTGT đầu vào hóa đơn bị thay thế số 100 là 2 triệu
=> Phân chênh lệch giữa số thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế = 3 triệu – 2 triệu = 1 triệu
=> Nên nếu kê khai hóa đơn thay thế số 200 về kỳ phát sinh là kỳ quý 2/2026 thì sẽ làm cho quý 2/2026 TĂNG số thuế GTGT còn được khấu trừ hoặc làm giảm số tiền thuế GTGT phải nộp
=> Không phải làm tờ khai điều chỉnh bổ sung KHBS
=> Bên mua sẽ kê khai Phân chênh lệch giữa số thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế là 1 triệu này vào chỉ tiêu 38 – điều chỉnh tăng trên tờ khai thuế GTGT của kỳ 3/2026 (kỳ phát hiện ra có hoá đơn đầu vào bị bỏ sót)
+ Nếu số tiền thuế GTGT trên hóa đơn thay thế NHỎ HƠN số tiền thuế GTGT trên hóa đơn bị thay thế thì có thể xảy ra 2 trường hợp :
+ Trường hợp 3.1: Khi kê khai Phân chênh lệch giữa số thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế về kỳ phát sinh hóa đơn thay thế mà chỉ làm giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau nhưng không làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của kỳ đó thì Bên mua sẽ kê khai "Phân chênh lệch giữa số thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế" vào chỉ tiêu 37 – điều chỉnh giảm trên tờ khai thuế GTGT của kỳ hiện tại (kỳ phát hiện ra có hoá đơn đầu vào bị bỏ sót) (không phải làm tờ khai điều chỉnh bổ sung KHBS)
+ Trường hợp 3.2: Khi kê khai Phân chênh lệch giữa số thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế về kỳ phát sinh hóa đơn thay thế mà làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của kỳ đó thì Bên mua phải làm tờ khai điều chỉnh bổ sung KHBS để kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào (Phân chênh lệch giữa số thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế) vào kỳ phát sinh hóa đơn thay thế (Kỳ phát sinh hóa đơn thay thế đầu vào bị kê khai sót này) => Để thực hiện nghĩa vụ thuế: nộp thêm số tiền thuế còn thiếu hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn và phạt chậm nộp)