1. Đối với số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp, nộp thừa (sau đây gọi chung là khoản đã nộp, nộp thừa) có mã định danh khoản phải nộp (ID) thì cơ quan thuế thực hiện thanh toán với số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ (sau đây gọi là khoản nợ) hoặc số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt phát sinh phải nộp của lần tiếp theo (sau đây gọi là khoản thu phát sinh) theo mã định danh khoản phải nộp (ID).
2. Đối với khoản đã nộp, nộp thừa không gắn với mã định danh khoản phải nộp (ID) thì được xử lý bù trừ như sau:
a) Bù trừ khoản đã nộp, nộp thừa với khoản nợ đã được cấp mã định danh khoản phải nộp (ID) của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục), cùng cơ quan thuế quản lý thu và cùng địa bàn hành chính;
b) Bù trừ khoản đã nộp, nộp thừa với khoản thu phát sinh đã được cấp mã định danh khoản phải nộp (ID) của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục), cùng cơ quan thuế quản lý thu và cùng địa bàn hành chính;
c) Bù trừ khoản đã nộp, nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh đã được cấp mã định danh khoản phải nộp (ID) của chính người nộp thuế nhưng khác nội dung kinh tế (tiểu mục) hoặc khác cơ quan thuế quản lý thu hoặc khác địa bàn hành chính;
d) Bù trừ khoản đã nộp, nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh đã được cấp mã định danh khoản phải nộp (ID) của người nộp thuế khác nhưng cùng nội dung kinh tế (tiểu mục), cùng cơ quan thuế quản lý thu và cùng địa bàn hành chính;
đ) Tổ chức trả thu nhập có số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa thì thực hiện bù trừ theo quy định tại điểm a, điểm b khoản này. Số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi quyết toán được xác định bằng (=) số thuế nộp thừa của cá nhân uỷ quyền quyết toán trừ (-) số thuế còn phải nộp của cá nhân uỷ quyền quyết toán; tổ chức trả thu nhập có trách nhiệm trả cho cá nhân uỷ quyền quyết toán số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi tổ chức chi trả quyết toán thuế thu nhập cá nhân;
e) Đối với hoạt động dầu khí và bán dầu khí, người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa theo quyết toán năm thì thực hiện bù trừ theo quy định tại điểm a, b, c và điểm d khoản này hoặc bù trừ với số phải nộp tương ứng trên tờ khai của kỳ kế tiếp.
3. Người nộp thuế có số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa (sau đây gọi chung là khoản nộp thừa) sau khi thực hiện bù trừ theo hướng dẫn tại khoản 1, khoản 2 Điều này mà không còn khoản nợ thì người nộp thuế được gửi hồ sơ đề nghị hoàn trả theo quy định tại mục 2 Chương V Thông tư này.
4. Thời điểm xác định khoản nộp thừa để xử lý bù trừ, hoàn trả kiêm bù trừ, hoàn trả nộp thừa:
a) Trường hợp người nộp thuế tự tính, tự khai và tự nộp thuế theo số thuế đã kê khai, thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế nộp tiền (trừ trường hợp nộp thuế nhầm) trước khi nộp hồ sơ khai thuế thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế, trường hợp người nộp thuế có hồ sơ khai bổ sung thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày người nộp thuế nộp hồ sơ khai bổ sung;
b) Trường hợp người nộp thuế xác định nghĩa vụ thuế theo Thông báo nộp tiền của cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế có thông báo điều chỉnh, bổ sung thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày ban hành thông báo điều chỉnh, bổ sung;
c) Trường hợp người nộp thuế nộp tiền theo Quyết định của cơ quan thuế, Quyết định hoặc Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế có nhiều Quyết định hoặc Văn bản thì thời điểm xác định khoản nộp thừa được căn cứ vào Quyết định hoặc Văn bản cuối cùng;
d) Trường hợp người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước nhưng sau đó thực hiện theo Bản án, Quyết định của Toà án thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày Bản án, Quyết định có hiệu lực;
đ) Trường hợp người nộp thuế xác định số tiền được miễn thuế, giảm thuế theo Quyết định của cơ quan thuế thì thời điểm xác định nộp thừa là ngày ban hành Quyết định của cơ quan thuế.
5. Trình tự, thủ tục bù trừ khoản đã nộp, nộp thừa: 
a) Hệ thống thông tin quản lý thuế tự động thanh toán nghĩa vụ thuế theo mã định danh khoản phải nộp (ID) giữa khoản đã nộp, nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại khoản 1 Điều này;
b) Hệ thống thông tin quản lý thuế tự động bù trừ khoản đã nộp, nộp thừa theo lựa chọn của người nộp thuế đối với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại điểm a, điểm b khoản 2 Điều này, cụ thể:
b.1) Người nộp thuế căn cứ thông tin về tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế do Hệ thống thông tin quản lý thuế cung cấp trên tài khoản giao dịch thuế điện tử, lựa chọn khoản nợ, khoản thu phát sinh bù trừ với khoản đã nộp, nộp thừa;
b.2) Hệ thống thông tin quản lý thuế tiếp nhận, kiểm tra thông tin và tự động bù trừ theo lựa chọn của người nộp thuế và cập nhật kết quả bù trừ trên tài khoản giao dịch điện tử do cơ quan thuế cung cấp;
c) Căn cứ thông tin về tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế do Hệ thống thông tin quản lý thuế cung cấp, người nộp thuế có khoản đã nộp, nộp thừa lựa chọn bù trừ với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều này:
c.1) Trường hợp khoản đã nộp, nộp thừa thuộc trường hợp tra soát chứng từ nộp thuế theo quy định tại Điều 37 Thông tư này thì Hệ thống thông tin quản lý thuế hỗ trợ người nộp thuế lập, gửi Văn bản đề nghị tra soát theo mẫu số 01/TS Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này đến cơ quan thuế có thẩm quyền xử lý khoản nộp thừa. Cơ quan thuế, Kho bạc Nhà nước xử lý theo quy định tại điểm a.2 khoản 3 Điều 37 Thông tư này;
c.2) Trường hợp khoản đã nộp, nộp thừa đã quá thời gian tra soát chứng từ nộp thuế theo quy định tại Điều 37 Thông tư này thì:
Hệ thống thông tin quản lý thuế hỗ trợ người nộp thuế lập, gửi Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/ĐNXLNT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này đến cơ quan thuế có thẩm quyền xử lý khoản nộp thừa.
Cơ quan thuế tiếp nhận, kiểm tra thông tin, lập Giấy đề nghị điều chỉnh thu ngân sách nhà nước theo quy định về thực hiện chế độ kế toán ngân sách nhà nước và hoạt động nghiệp vụ Kho bạc Nhà nước gửi Kho bạc Nhà nước để cung cấp thông tin đề nghị bù trừ. Kho bạc Nhà nước xử lý Giấy đề nghị điều chỉnh thu ngân sách nhà nước theo quy định tại điểm a.2.4 khoản 3 Điều 37 Thông tư này. Căn cứ kết quả thực hiện bù trừ thu ngân sách nhà nước của Kho bạc Nhà nước truyền đến, cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/TB-XLBT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này gửi cho người nộp thuế để thông báo về kết quả bù trừ trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày thông báo tiếp nhận Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa;
c.3) Trường hợp người nộp thuế lựa chọn hoàn trả trực tiếp theo quy định tại khoản 3 Điều này thì Hệ thống thông tin quản lý thuế hỗ trợ người nộp thuế thực hiện thủ tục hoàn nộp thừa theo quy định tại Mục 2 Chương V Thông tư này.
d) Căn cứ thông tin về tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế do Hệ thống thông tin quản lý thuế cung cấp, người nộp thuế có khoản đã nộp, nộp thừa lựa chọn bù trừ với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại điểm d khoản 2 Điều này, cụ thể:
Hệ thống thông tin quản lý thuế hỗ trợ người nộp thuế lập, gửi Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/ĐNXLNT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này và các tài liệu liên quan (nếu có) đến cơ quan thuế có thẩm quyền xử lý khoản nộp thừa.
Cơ quan thuế tiếp nhận, kiểm tra thông tin và trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày thông báo tiếp nhận được Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/TB-XLBT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này gửi cho người nộp thuế để thông báo về kết quả bù trừ.
6. Trách nhiệm tiếp nhận, thẩm quyền xử lý bù trừ khoản đã nộp, nộp thừa của cơ quan thuế
a) Trách nhiệm tiếp nhận, xử lý Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa:
a.1) Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế tiếp nhận, xử lý bù trừ đối với khoản đã nộp, nộp thừa do cơ quan thuế trực tiếp quản lý và khoản đã nộp, nộp thừa do cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ quản lý thu;
a.2) Cơ quan thuế quản lý khoản thu tiếp nhận, xử lý bù trừ đối với khoản đã nộp, nộp thừa do cơ quan thuế quản lý thu;
a.3) Cơ quan thuế quản lý địa bàn nơi nhận khoản thu phân bổ phối hợp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp xử lý bù trừ khoản đã nộp, nộp thừa được nhận phân bổ;
b) Hệ thống thông tin quản lý thuế hỗ trợ cơ quan thuế lập, gửi Giấy đề nghị điều chỉnh thu ngân sách nhà nước gửi Kho bạc Nhà nước; hỗ trợ lập, gửi Thông báo về việc xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa; tự động xử lý thanh toán, bù trừ theo kết quả xử lý và gửi thông tin tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế qua tài khoản giao dịch điện tử của người nộp thuế.